El tratamiento de la fístula anal es complejo si su trayecto atraviesa el esfínter anal. El tratamiento es una operación y depende de la localización de la misma, el sexo del paciente, las cirugías anales previas, la existencia de trayectos o abscesos asociados...
La cirugía de las fístulas anales busca corregir la fístula de forma efectiva, procurando no afectar la continencia anal. Si la fístula atraviesa poco esfínter y existe un riesgo bajo de incontinencia fecal, se puede hacer una fistulotomía.
De lo contrario, existen otras opciones como un seton, colgajo de avance endorrectal, fistulotomía y esfinteroplastia o una inyección de sellantes biológicos a través del orificio fistuloso externo.